生態養殖工程研究室是以漁業生態工程技術、裝備與配套養殖技術為重點，開展相關領域的應用工程技術研究以及項目建議書、可行性研究、工程實施方案、工程初步設計和施工圖設計、項目投資評估、項目評審和管理及政府服務等工作。現有研究人員7人，其中高級以上職稱3人。

多年來，生態養殖工程研究室在水產品加工、水產品貯藏與市場流通、工廠化養殖裝備與工程技術、池塘養殖工程與技術研究開發、技術咨詢和設計等方面開展了大量工作，承擔完成多項公益性行業科研項目部級科研項目、漁業行業標準研究與制定。

累計承擔各級政府和企業委托的工程咨詢、工程設計及水產品加工技術集成服務項目100多項。其中包括完成援巴布亞新幾內亞水產品加工廠和冷庫項目、援瓦努阿圖水產品加工廠項目、援納米比亞哈達普水產養殖中心改造項目、援巴林王國石斑魚循環水養殖示范基地等多項涉外漁業工程項目，促進了國家相關援助計劃的實施，提升了我國與受援國之間的友誼。